Hay tres departamentos que dependen del director. Son:
- Productos Agrarios
- Medios de la Produción
- Fitopatología
El departamento de Productos Agrarios se organiza en tres secciones:
- Alimentos: leche, queso, embutidos y productos cárnicos, miel, productos del mar, productos vegetales, aceite, castañas, etc.
- Bebidas: vino, aguardiente, licor, cerveza, agua, vinagre, etc.
- Alimentación Animal: forraje, cereales y piensos.
El departamento de Medios de la Producción tiene dos secciones:
- Suelos y análisis foliares
- Fertilizantes: inorgánicos, orgánicos, análisis de agua para riego, lodos de uso agrario, purines y sustratos.
El departamento de Fitopatología está dividido en dos secciones:
- Diagnósticos de sanidad vegetal: enfermedades y plagas de los cultivos
- Residuos de pesticidas: en bebidas, fruta, hortalizas, legumbres, miel, forraje, suelos, etc.
En cada sección hay un responsable técnico, analistas y auxiliares de laboratorio cualificadas. El cuadro de personal está constituído por 43 puestos de trabajo.